El Cañón de Almadenes es un importante lugar de reproducción y refugio para murciélagos y un gran número de aves asociadas a la buena conservación del río.
Entre ellas encontraremos el martinete, la oropéndola, la lavandera blanca y boyera, el ruiseñor, el halcón peregrino, el búho real, la lechuza y el águila calzada, también otras especies invernantes como el cormorán y el andarríos.
Entre las inmensas paredes que componen el Cañón de Almadenes tendremos la posibilidad de observar la cabra montés (Capra pyrenaica) en total libertad.
De entre todas las especies hay que destacar la presencia de la nutria (Lutra lutra), que aquí tiene la mayor presencia de toda la Región de Murcia.